Die Marktsiedlung entwickelte sich günstig, sie wurde mit einer Mauer und Turmtoren gesichert.
Um 1250 erfolgten erste Stadterweiterungen: Neuburg im N, Lehener- und Predigervorstadt im W, Schneckenvorstadt als Gewerbeviertel im S. Für die erste Hälfte des 14. Jhs. rechnet man mit 9.000 Einwohnern.
Dass der Marktort prosperierte, zeigt die Verwirklichung großer Bauvorhaben, darunter v.a. die Errichtung des Münsters. In der nordöstlichen Altstadt folgte auf eine Vorgängerkirche der spätromanisch begonnene, dann gotisch weitergeführte Bau der Münster-Pfarrkirche mit dem hochgotischen Turm (1330/40). Das Wachstum Freiburgs beruhte auf seiner Stellung als regionales Marktzentrum mit florierendem Gewerbe, wozu gegen Ende des 13. Jh. der Silberbergbau im Schwarzwald kam, dokumentiert in den Fenstern des Münsters. 1368 kam Freiburg unter die Herrschaft des Hauses Habsburg (Vorderösterreichische Lande). 1457 wurde die Universität gegründet.